Для того, чтобы заставить Emacs воспринимать 8-битные кодировки и в частности koi8-r, необходимо добавить следующие команды в ~/.emacs:
~/.emacs
(set-language-environment "Cyrillic-KOI8")
(set-keyboard-coding-system 'koi8-r)
(set-terminal-coding-system 'koi8-r)